第1章 ヒトの進化
1.1ヒト進化研究の歴史と概観
1.2脊椎動物の誕生
1.3四足類の出現から霊長類の誕生まで
1.4ヒト上科の進化
1.5ヒト属の進化
第2章 ホモ・サピエンスのゲノム進化
2.1新人のアフリカ起源を示す遺伝子データ
2.2出アフリカ以降のヒトの拡散
2.3原人・旧人からの遺伝子移入
2.4古代人ゲノムの研究
2.5日本列島人のゲノム進化
第3章 ヒトゲノムの全体像
3.1常染色体
3.2性染色体
3.3染色体のセントロメア構造
3.4染色体のテロメア構造
3.5がらくたDNA
3.6リピート配列
3.7ゲノム領域によるGC含量の変動
3.8ゲノム領域による突然変異率の変動
3.9ゲノム領域による組換え率の変動
第4章 ヒトゲノムの遺伝子概論
4.1遺伝子とは
4.2タンパク質遺伝子
4.3ミトコンドリアDNAの遺伝子
第5章 RNA遺伝子
5.1tRNA遺伝子
5.2rRNA遺伝子
5.3miRNA遺伝子
5.4snRNA
5.5snoRNA 遺伝子
5.6lincRNA 遺伝子
第6章 遺伝子発現を調節する領域
6.1プロモーター
6.2エンハンサー
6.3TAD, CTCF、コヒーシン
6.4トランスポゾンによる遺伝子発現調節
6.5RNA PolI関連遺伝子
6.6転写因子
6.7ホルモン応答転写因子
第7章 進化的に保存された非コード配列
7.1脊椎動物共通な傍系・順系相同CNS
7.2羊膜類および哺乳類で共通に存在するCNS
7.3霊長類で特有なCNS
7.4ヒト上科とヒト科で特有な CNS
第8章 リピート配列
8.1トランスポゾン
8.2Alu配列
8.3L1配列
8.4内在性レトロウイルス
8.5核に移行したミトコンドリアDNA断片
第9章 重複遺伝子
9.1重複遺伝子と遺伝子族
9.2全ゲノム重複の痕跡
9.3重複遺伝子の運命
9.4 遺伝子重複と遺伝子変換
第10章 偽遺伝子
10.1直列重複後に偽遺伝子化
10.2プロセス型偽遺伝子
10.3機能のある偽遺伝子
10.4単一コピー遺伝子の偽遺伝子化:環境との関わり
10.5アスコルビン酸合成に関与する酵素の偽遺伝子
第11章 エピゲノム
11.1Roadmap Epigenome Project
11.2DNAメチル化
11.3ヒストン修飾
11.4クロマチン接近可能性
11.5X染色体不活性化とXIST
第12章 ヒトゲノムの変異
12.1単一塩基変異
12.2組換えと連鎖不平衡
12.3遺伝子変換
12.4挿入と欠失
12.5マイクロサテライト
12.6逆位
12.7コピー数変異
12.8染色体の転座・逆位・融合
12.9染色体数変異
12.10染色体破砕
第13章 ヒトに感染する微生物のゲノム
13.1常在菌
13.2ウイルス
13.3感染細菌
13.4ピロリ菌
13.5マラリア原虫などの真核生物
第14章 細胞内で働くタンパク質の遺伝子
14.1翻訳に関係する遺伝子
14.2エネルギー代謝
14.3核酸・アミノ酸合成系に関係する遺伝子
14.4糖・脂質合成系に関係する遺伝子
14.5核ゲノムに存在するミトコンドリアで働く遺伝子
14.6細胞内輸送系の遺伝子
第15章 細胞の分裂と維持に関係する遺伝子
15.1DNA複製開始に関係する遺伝子
15.2DNA修復に関係する遺伝子
15.3染色体分配に関係する遺伝子
15.4細胞周期チェックポイントに関係する遺伝子
15.5減数分裂の細胞周期制御に関係する遺伝子
15.6相同染色体間組換えに関係する遺伝子
15.7染色体分配(還元分裂)に関係する遺伝子
15.8セントロメア系の遺伝子
15.9テロメア系の遺伝子
15.10細胞質シャペロンと調節因子
15.11ミトコンドリアシャペロンと調節因子
15.12小胞体シャペロンと調節因子
第16章 発生に関係する遺伝子
16.1原腸形成、胚葉形成、脊索の発生に関係する遺伝子
16.2からだの前後軸をきめるHox遺伝子群
16.3器官形成にかかわる遺伝子
16.4脳神経系形成にかかわる遺伝子
16.5発生にかかわるその他の遺伝子
第17章 脳神経系の働きに関係する遺伝子
17.1中枢神経系にかかわる遺伝子
17.2神経伝達物質合成にかかわる遺伝子
17.3神経伝達物質受容体の遺伝子
17.4概日リズムにかかわる遺伝子
第18章 感覚にかかわる遺伝子
18.1視覚にかかわるオプシン遺伝子群
18.2視覚にかかわる調節系遺伝子
18.3嗅覚にかかわる遺伝子
18.4味覚にかかわる遺伝子
18.5聴覚にかかわる遺伝子
18.6温覚にかかわる遺伝子
18.7痛覚にかかわる遺伝子
第19章 骨格筋肉系の遺伝子
19.1筋肉タンパク質の遺伝子
19.2筋肉系にかかわる遺伝子
19.3骨格系にかかわる遺伝子
19.4歯形成にかかわる遺伝子
19.5身長に関連する遺伝子
19.6顔面形態に関連する遺伝子
第20章 消化・吸収にかかわる遺伝子
20.1栄養素の分解にかかわる遺伝子
20.2消化管吸収・排泄にかかわる遺伝子
20.3ヒトの脂質分解・吸収
20.4腎排泄・再吸収にかかわる遺伝子
20.5尿酸排泄・再吸収にかかわる遺伝子
第21章 肝臓にかかわる遺伝子
21.1肝機能指標にかかわる遺伝子
21.2アルコール代謝にかかわる遺伝子
21.3肝炎ウイルスにかかわる遺伝子
第22章 循環にかかわる遺伝子
22.1循環系と心臓にかかわる遺伝子
22.2循環系と肺にかかわる遺伝子
22.3循環系と腎疾患
22.4大・中動脈にかかわる遺伝子
22.5高血圧、動脈硬化や心筋梗塞にかかわる遺伝子
第23章 血液にかかわる遺伝子
23.1血漿タンパクの遺伝子
23.2血液凝固系の遺伝子
23.3赤血球系の遺伝子
23.4白血球系の遺伝子
23.5ABO式血液型遺伝子:糖転移酵素
23.6Rh式血液型遺伝子:膜タンパク質
第24章 内分泌系にかかわる遺伝子
24.1ホルモン一般
24.2バソプレシン・オキシトシンファミリー
24.3メラニン凝集ホルモン
24.4プロオピオメラノコルチン
24.5成長ホルモン
24.6インスリン
第25章 生殖と性差にかかわる遺伝子
25.1性決定にかかわる遺伝子群
25.2受精卵着床にかかわる遺伝子
25.3卵巣・乳腺にかかわる遺伝子
25.4精巣にかかわる遺伝子
25.5子育てにかかわる遺伝子:オキシトシン
25.6インプリンティングを受ける遺伝子
第26章 皮膚にかかわる遺伝子
26.1耳垢型遺伝子 ABCC11
26.2頭髪の太さを決める遺伝子EDAR
26.3ケラチン
26.4コラーゲン
26.5皮膚に存在するリピート遺伝子
第27章 免疫にかかわる遺伝子
27.1自然免疫系にかかわる遺伝子
27.2MHCクラスI遺伝子群
27.3MHCクラスII遺伝子群
27.4B細胞受容体の遺伝子
27.5T細胞受容体の遺伝子
27.6KIR遺伝子群
27.7ディフェンシン
27.8Neutrophil extracellular traps